Harran Üniversitesi yayınladığı bilimsel çalışmalarla Türkiye"nin en iyi üniversitelerinin arasında yer aldı.Üniversite sayılarının sürekli artması ile birlikte gelen kaliteli öğretimin araştırması yönünde dünyanın her ülkesinde olduğu gibi ülkemizde de Üniversitelerin yaptığı yayın sayısı dikkate alınıyor. Bu konuda ODTÜ eski Rektörü Prof. Dr. Ural Akbulut ve arkadaşlarının hazırladığı yayında Harran Üniversitesi, Türkiye ortalamasında toplam 114 üniversite arasında 18. oldu. On kişiden oluşan heyet, Üniversitelerin yayın sayısını dikkate alırken bu çalışmada 9 kriter belirlendi. En önemlisi ise yapılan çalışmanın doğruluğu ve kalitesi göz önüne alınarak Tıp Fakültesi olan ve olmayan üniversiteler diye iki ayrı kategorilerde değerlendirildiler. Harran Üniversitesi bu değerlendirmede Tıp Fakültesi olan üniversiteler kategorisinde değerlendirilerek 52 üniversite arasında dereceye girmeyi başardı. Bu çalışmaya göre tüm üniversiteleri geride bırakan Harran Üniversitesi bölgede kendinden önce kurulmuş eski üniversiteleri ve batıdaki kuruluşu eski olan birçok üniversiteyi geride bıraktı.
05.Ocak 2010 Salı günü millet gazetesi eğitim ve köşe yazarı Abbas Güçlünün köşesine taşıdığı çalışmada Harran üniversitesi 200 ile 239 puan alarak Bursa Uludağ, Malatya İnönü, Gaziantep, D.Bakır Dicle, Isparta Süleyman, Demirel, Trakya Üniversitelerini geride bıraktı.
Abbas güçlü yazısında Prof. Akbulut, listelerin 6 ayda bir yenileneceğini ve sürekli geliştirileceğini belirterek, kriterler konusunda şu bilgileri verdi:
“Toplam yayın sayısının sayıca büyük üniversitelerin lehine olduğu düşünülebilir. Ancak o kurumlar da dünya bilimine ülkemiz adına daha çok katkı yapmaktadır ve bu katkıları nedeniyle puan almalıdır. Kişi başına yayın ise, sayıca küçük olsa bile kişi başına üretkenliği fazla olan üniversitelerin bu başarılarının değerlendirilmesi ve motivasyon için gereklidir. Böylece bir yandan büyük üniversiteler toplam üretkenlikten dolayı yüksek puan alırken küçük kurumlar da verimleri yüksek ise fazla puan alabilirler. Performansın sürekliliği 5 ve 6 ile güncelliği ise 1 ve 2 ile ölçülmektedir.”
Bu çalışmada Prof. Dr. Nusret Aras, Prof. Dr. Tunçalp Özgen, Prof. Dr. Engin Ataç, Prof. Dr. Ülkü Bayındır, Prof. Dr. Attila Aşkar, Prof. Dr. Yaşar Sütbeyaz ve Prof. Dr. Bilgehan Ögel, Nergis Gürel, Rafet Çevik, Başak Öztürk yer aldı.
Yapılan çalışmada aşağıda belirtilen 9 kriter baz alındı.
1) Toplam yayın sayısı (araştırma)-YÖK (2008 yılı için yayımlandı)
2) Kişi başına düşen yayın sayısı (araştırma)-YÖK (2008 yılı için yayımlandı)
3) 2000–2008 arasında çıkan yayınlara 2008"de yapılmış toplam atıf sayısı (araştırma)-ISI
4) 2000–2008 arasında çıkan yayınlara 2008"de yapılmış kişi başına düşen atıf sayısı (araştırma)-ISI ve YÖK
5) 2000–2008 arası yapılan toplam yayın konferans ve atıf sayısı (araştırma) Google Scholar (GS)
6) 2000–2008 arasında öğretim üyesi başına düşen yayın, tebliğ ve atıf sayısı (araştırma)-GS ve YÖK
7) Toplam doktora öğrencisi sayısı (eğitim-araştırma)-ÖSYM
8) Doktora öğrencilerinin toplam öğrenciye oranı (eğitim-araştırma)-ÖSYM
9) Öğretim üyesi başına düşen öğrenci sayısı (eğitim)-YÖK ve ÖSYM (UrfaHA)
